Der App Store zeigt mir seit iOS 9.0.2 wieder mal Update auf dem iPhone/iPad an, die allerdings bereits installiert wurden. (Also der Zähler steht etwa auf "3" und die Apps sind mit "Öffnen" markiert, wenn man den Store öffnet, nicht mit "Aktualisieren".)

Bei euch reproduzierbar?

(Hier auf drei iOS-Geräten.)

Der Bug taucht seit iOS 7 immer wieder in schöner Regelmäßigkeit auf...

Nein, weder auf dem iPhone 6, noch auf dem iPad Air. Hatte heute auf beiden Geräten 3 Updates, verlief alles normal. Updates waren gegen 17:00Uhr, kann natürlich sein, dass es jetzt anders aussieht.

marco m.
Es kann natürlich auch ein Bug des App-Store-Servers seitens Apple sein.

Auch das gab es schon sehr oft, was iOS-App-Updates angeht.

Hier besteht das Problem auch (iPhone 5c - iOS 9.0.2), der Zähler steht auf 1 trotz keinem verfügbarem Update.

Hab ich hier auch (8.4.1)

Stimmt, hatte ich selbst auch schon. Aber man kann ja auch mal Glück haben.

Das Problem hatte ich auch vor kurzem und weiß auch wie es bei mir entstanden ist:

Ich habe die Updates nicht direkt am iPad eingespielt sondern über iTunes. Damit waren die neuen Updates zwar drauf, aber der Zähler wurde nicht zurückgesetzt.
Nach dem nächsten Update das ich dann direkt am iPad eingespielt habe, hat sich das ganze wieder normalisiert.