Hi zusammen,

wir müssen im Labor manchmal Mikroskopbilder von Clustern (Kügelchen) auswerten. Wir möchten eine Tabelle, in der der Durchmesser jeder Kugel abgespeichert wird. Also einfach nur einen Wert nach dem anderen abspeichern.

In der aktuellen Software klickt man auf die Mitte der Kugel, erstellt somit einen Kreis und kann mit dem Mausrad die Größe anpassen. Daraufhin wird der Durchmesser abgespeichert.

Als Funktion muss noch zur Verfügung stehen, dass man den Maßstab des Mikroskopbildes übernimmt.

Ist so eine Bildanalyse mit webbasierter Programmierung möglich? Wenn ja, womit genau?

Ich denke mal, dass es insgesamt kein "big deal" ist...

Was denkt ihr so?

PS: Die aktuelle Software ist fehlerhaft und kann den Maßstab des Mikroskopbildes nicht übernehmen. Deswegen würde ich da gern was eigenes simpleres programmieren. Gern für alle Plattformen

hier ein Beispielbild

Hm, sollte mit JavaScript machbar sein, könnte aber etwas aufwändig werden.

Naja, eine Idee käme mir da, weiss aber nicht, ob es da einen besseren Ansatz gibt...

Im Endeffekt musst Du ein Bild laden, über das Bild einen Kreis zeichnen und dann dessen relative Koordinaten unter Berücksichtigung des Maßstabes in einen Durchmesser umrechnen. Schwierig daran ist eigentlich nur der zweite Teil: Zeichnen eines Kreises über ein Bild und Abfragen der resultierenden Koordinaten / Pixel.

Etwas das dem Nahe kommt, sind in HTML und JS geschriebene Generatoren für HTML Imagemaps. Diese beinhalten bereits die Möglichkeit, ein Bild in ein HTML5 Canvas Element zu laden und darüber geometrische Primitive zu zeichnen (Rechtecke, Kreise, Polygone), deren Eigenschaften (Koordinaten etc.) dann auch ausgewertet werden können...

Würde ich so etwas unbedingt machen müssen, würde ich mit einem Projekt wie anfangen, die nicht benötigten Zeichentools entfernen und dann noch die Funktion schreiben, die die Koordinaten in Durchmesser umrechnet... hierzu braucht es ja nur ein Eingabefeld für den Maßstab und eine AJAX Prozedur, die die Umrechnung zurückliefert.

Sollte aber in einem, zwei Tagen machbar sein...

Wenn man JS kann, ja, das scheint hier aber nicht der Fall zu sein.

Also ich bin soweit, dass das Bild reingeladen werden kann und das auf Knopfdruck ein Kreis darauf gemalt wird. Jeder JS-Profi würde wahrscheinlich bei dem Code-Gewirr den Kopf schütteln.

Einfach drauf los zu programmieren funktioniert bis zu einem bestimmten Punkt, dann nicht mehr. Also werde ich wohl nicht drum rum kommen, mich mal in JS Canvas einzulesen.

Danke für eure Antworten! Das von dreyfus empfohlene Projekt sieht interessant aus, aber so aufwändig muss es bei mir letztendlich nicht sein.

An sich brauch ich nur simple Funktionen: Bild reinladen, Kreis erstellen, Radius und Position anpassen Durchmesser in 1-Spalten-Tabelle abspeichern. Am Ende noch eine Funktion um die "Pixeldurchmesser" mit Hilfe des Maßstabes in Nanometer umzurechnen.

Empfehlungen:

js-framework z. B. jquery
Kreise kannst du auch in reinem html+css erstellen mit border-radius
Wenn's denn canvas+svg sein soll raphael+SketchPad
müsste man nur für Kreise anpassen