...und vor allen Dingen: Was könnte dabei denn eigentlich schief gehen?

Hintergrund: Ich würde gerne wissen wollen, wie sicher die Kopie tatsächlich eine Kopie ist.

rsync im Hintergrund entscheidet das anhand von Dateigröße und Änderungsdatum. Spontan würde ich behaupten, dass man da sogar Optionen mitgeben kann

Wirklich sicher sein kannst du nur, wenn du alle Dateien testest.

@sahnehering
Guckt also CCC bei jedem auch inkrementellen Klon sich 1 Mio Dateien an, ob diese entweder eine andere Grösse oder ein anderes Datum haben?

Ja, per checksum. Hier ist das kurz erklärt:
Ansonsten die man-page von rsync z.B. hier:

Ja, wobei man einstellen kann wie. Checksum ist sehr aufwändig und wird in der Regel nicht gemacht. Dateigröße und Änderungsdatum. Man kann auch angeben, dass nur Dateien kopiert werden, deren Änderung mindestens xx Minuten her ist. So kann man elegant Dateien ausklammern, die sich ständig ändern (logfiles)

Grundsätzlich lässt sich ja nicht direkt sagen, wie CCC das erkennt, dass steht entweder auf der Webseite oder du fragst einfach. CCC nutzt ja rsync und je nach Einstellung kann nach mehr als nur nach Dateigröße oder Änderungsdatum geguckt werden.

Zum testen selber kannst du dir mal Backup Bouncer anschauen:
https://github.com/n8gray/Backup-Bouncer