Ich habe das bei mir zuverlässig reproduzieren können. Immer wenn ich aus dem TimeMachine Backup eine gelöschte Mail wiederhergestellt habe, werden die Einstellungen meiner IMAP Accounts verändert.
Bei allen Accounts werden die vorgewählten SMTP-Server auf "Ohne" gesetzt und das Häkchen bei "Nur diesen Server verwenden" entfernt. Im Reiter Postfach-Verhalten werden sämtliche Häkchen gesetzt.

Ist das bei euch auch der Fall? Es hilft auch nicht, die com.apple.mail.plist als schreibgeschützt zu setzen, dann stürzt Mail beim Import der Mail aus TimeMachine ab.