Nachdem ich mich jetzt endlich zum Upgrade von Mojave auf Monterey entschlossen habe (Rechner MacPro Late 2013) und einer zweiten Neuinstallation, aufgrund vieler Probleme, habe ich jetzt festgestellt, daß der Programme-Ordner 2x existiert:
- einmal auf der obersten Ebene neben Benutzer, Library und System
- und eine identische Kopie unter: System/Volumes/"Macintosh HD"/Programme

Ich vermute, es ist nach der Neuinstallation und der anschließenden Migration etwas schief gelaufen. Jedenfalls belegt jeder Ordner rund 200GB und ich würde gerne den "überflüssigen" loswerden.
Kann mir jemand sagen, wo ich da ansetzen kann?

Dass das Systemlaufwerk seit Catalina in ein nur-lese System und ein beschreibbares Datenlaufwerk geteilt wird, bei dem das eine in das andere eingeblendet wird, um ein vollständiges System vorzugaukeln hattest Du aber mitbekommen?

ok, ist derselbe Ordner der 2x in unterschiedlichen Verzeichnissen dargestellt wird. Also keine doppelte Speicherbelegung. Als alter Mojave-User etwas gewöhnungsbedürftig. Hatte mich nur gewundert, da mein Backup-Medium genau um diese 200GB kleiner ist.

Tatsächlich gibt es nunmehr im Finder die Ordner /Programme und /System/Programme.
Diese sind aber nicht identisch.
Der Ordner /System/Programme enthält alle mit dem Betriebssystem mitgelieferten Programme mit Ausnahme von Safari (53 Apps).
Die Programme aus /System/Programme erscheinen auch im Ordner /Programme, ohne dort als Alias gekennzeichnet zu sein. Diese Lösung empfinde ich als verwirrend und wenig konsistent. Apple dachte dabei aber wohl eher an die Nutzer, die nie in den Systemordner hineinschauen. Für die ist so eben alles wie früher.

In /System/Volumes/Macintosh HD/ wird der Ordner /Programme noch einmal angezeigt. Diesmal aber ohne die Programme aus /System/Programme (Erkennt man an der außen wiedergegebenen Zahl der Objekte im Ordner.). Öffnet man diesen Programme-Ordner springt die Anzeige aber wieder zu dem Programme-Ordner mit allen Programmen.
Alles sehr verwirrend! Aber zusätzlicher Speicherplatz wird dadurch nicht verbraucht.
Einige Beispiele aus dem Ordner /Programme:

Jein. Das ganze Stamm-Volume existiert nicht wirklich so wie es angezeigt wird. Es entsteht durch Überblendung eines versiegelten Schnappschusses des System-Volumes mit dem Daten-Volume, dessen echter Inhalt unter /System/Volumes/Data zu sehen ist. Beide Volumes befinden sich in einer APFS-Volume-Gruppe, bei denen die überblendeten Dateien mit sogenannten Firmlinks markiert sind. Das sind weder Hard Links, noch Symbolische Links, noch Aliase.

Ein Programm wie Mail gehört zu macOS und liegt deshalb auf dem System-Volume, das nur gelesen werden kann, das nur von einem gesonderten Schnappschuss aus betrieben wird, der zusätzlich digital versiegelt ist.

Safari ist dagegen ein Programm, das nicht fest zu macOS gehört, weil es unabhängig davon aktualisiert werden darf. Es liegt auf dem beschreibbaren Daten-Volume, dessen Programme-Ordner mit dem Programme-Ordner des System-Volumes überblendet ist.

Aber irgendwie ist der bisher streng hierarchisch aufgebaute Finder in den oberen Ebenen noch nicht gut an die neue, verschachtelte und verknüpfte Volume-Struktur angepasst.

Der Finder hat noch nie versucht, die Daten so darzustellen, wie sie wirklich im System abgelegt sind.

Was der Finder anzeigt, ist eine reine Fantasiewelt. Zum Beispiel wird teilweise immer noch versucht, in "Laufwerken" von 1984 zu denken, nicht in der Baumstruktur von Unix. Der Finder zeigt "Aliase" an, obwohl diese schon lange durch Symbolische Links und macOS-Bookmarks ersetzt wurden. Dateinamen werden durch Präsentationsnamen ersetzt oder in die Landessprache des Benutzers übersetzt. Time Machine-APFS-Volumes werden als Liste von Datumsordnern angezeigt, obwohl sie in Wirklichkeit Mount-Punkte virtueller Schnappschuss-Volumes sind, usw.

Schon klar, dass der Finder nicht die wirkliche Struktur der Daten darstellt. Aber die Darstellung sollte für den Anwender wenigstens in sich schlüssig sein.
Wenn im Info-Fenster für Mail.app als Ort: Macintosh HD > System > Programme steht und die Mail-App aber in der Ordnerstruktur unter Macintosh HD >Programme zu finden ist, dann ist das eben inkonsistent und widersprüchlich.