Ich speichere Dateien im User-Ordner eigentlich in etwa so wie es vom System vorgesehen ist. Foto-Ordner habe ich unter „Bilder“ abgelegt, sonstige Dateien unter „Dokumente“. Was mich manchmal nervt: Viele Anwendungen legen Einstellungen und sonstige Ordner in den Standardverzeichnissen ab, die ich eher ablenkend und störend finde. Beispiele: Im Dokumente-Ordner finden sich bei mir zusätzliche Ordner von Adobe, WebEx, Microsoft (Microsoft-Benutzerdaten) usw. Ich überlege mir daher, alle sonstigen Dateien künftig in einem zusätzlichen Ordner „XYZ" im Benutzerordner zu speichern. Ich sehe nicht, dass dies irgendwelche negativen Folgen haben könnte. Übersehe ich etwas?

Nein, du kannst Ordner in deinem Benutzerordner anlegen und benennen, wie du lustig bist.
Die Standardordner umzubenennen oder gar zu löschen, würde ich dir aber nicht empfehlen. Oder lass es mich anders formulieren: ich würde dir davon abraten. Entschieden abraten.

Verstehe ich nicht: Ich dachte, Deine "sonstigen Ordner" legen die Anwendung irgendwo hin. Willst du diese dann verschieben? Ich wüsste auch nicht, wie du sicherstellen willst, dass sich Deine Anwendungen dann jetzt und in Zukunft daran halten.

Du kannst natürlich eigene Ordner im Benutzerordner anlegen, dabei gilt aber zu beachten dass die Benutzerrechte anders sind als bei den Standardordnern. In den neu angelegten Ordnern können andere Benutzer reingucken (und ich glaube auch schreiben). Also am besten die Rechte anpassen.

Ein anderer Weg den ich nutze ist, einen neuen Ordner innerhalb der Standard Ordner anlegen in dem dann die eigenen Sachen abgelegt werden.