Harmlos oder was steckt dahinter? Im Moment der Meldung habe ich nichts angeklickt, geöffnet oder installiert. Aus dem Leerlauf heraus wird plötzlich Xcode von Nöten?

Hmm, sieht verdächtig aus. Irgendwie / was versucht in der Shell oder anderweitig einen Befehl aus den CLDTs auszuführen. Da die bei dir nicht installiert sind kommt das liebe OS dir zur Hilfe und zeigt dir wo es die gibt...
Ich würde erstmal auf später klicken und schauen ob dann irgend ein Programm nicht geht oder anderweitig meckert. Und als nächstes mal in die Konsole schauen ob sich da irgendwas verdächtiges zu lesen ist.

Lass mich raten: Du nutzt sie 10.11 PB?
Seit der PB2 kommt bei mir die Meldung auch ab und an. Einfach wegklicken.

Richtig! Aber ich bin einfach vorsichtig geworden, man kann ja nicht alles auf die Beta schieben.