Ich nutze mein Dock so, dass ich dort nur die Apps sehe, die auch tatsächlich geöffnet sind. Jeden morgen fahre ich den Rechner hoch und abends schließe ich die Apps mit cmd + q und fahre den Rechner runter. Warum bleiben manchmal manche Apps im Dock, obwohl ich das nicht aktiviere?
Ich deaktiviere dann "im Dock behalten" für die App und irgendwann aktiviert sich das wieder von selbst. Oft trifft es Safari, aber genauso gelegentlich alle anderen Apps. Ich kann da kein Muster erkennen, wann das passiert.
Ich habe ein MBP mit Mojave, aber es war auch schon bei Sierra und High Sierra so.
Ich weiß, ich weiß, es ist kein dramatisches Problem...

Vielleicht hast Du in den Dock Einstellungen "Zuletzt verwendete Programme im Dock anzeigen" aktiviert?
Wäre meine erste Idee..

Leider nein, dann würde der Fall ja auch bei jedem verwendeten Programm täglich auftreten. Es ist eher vereinzelt. Gestern traf es Erinnerungen und DevonThink, dagegen 10 andere Programme nicht.

Ok, gehört zwar nicht zur Frage, aber ich bin neugierig. Was bringt es dir, die Programme manuell zu beenden? Das System prüft vor dem schließen von Dokumenten, ob die noch ungesichert sind, und fragt im Bedarfsfall nach. Du kannst 1000 offene Fenster in 100 verschiedenen Programmen geöffnet haben. Dein Mac überprüft jedes einzeln, und wenn alle Dokumente geschlossen sind wird das zugehörige Programm beendet und er macht sich an das nächste. Zum Schluss fährt er runter und geht aus. Solange du nicht sagst, nach dem Start alle geöffneten Fenster erneut öffnen startet er am nächsten Morgen und zeigt dir nichts als deinen Schreibtisch an.

Nun, ich gehöre auch zu denen, die ihre Apps auf dem iPhone schließen
Im Laufe des Tages arbeite ich an mehreren Dokumenten und Tabellen parallel. So könnte ich z.B. aus einer Mail heraus ein Dokument geöffnet und geändert haben. Am nächsten Tag würde ich das Dokument nur noch unter "zuletzt verwendet" finden, weil der Mac das in einem Mail-Download-Verzeichnis vergräbt. Das ist mir viel zu unübersichtlich. Kontroll-Zwang...

Lösche bitte mal die "com.apple.dock.plist". Evtl. hilft es. Ist hier: ~/Library/Preferences/

Also am besten auf dem Schreibtisch verschieben. Nach den Neustart hast du unten die Standard-Icons. Musst du später halt neu anpassen.